Aby ewakuować się z Rosji, potrzeba jednak wielu postojów – raz skończą się nam zapasy jedzenia lub leków, a kiedy indziej pociąg ulegnie awarii i konieczne okaże się znalezienie sposobu, by go naprawić. Wtedy właśnie Last Train Home „staje się” RTS-em. Gra oferuje kilkanaście wymagających misji, w których – samodzielnie dobierając taktykę – musimy zrealizować szereg z góry określonych celów.
Łatwość bądź trudność ich osiągnięcia zależy od wielu rozmaitych czynników. Jednym z nich jest potencjał bojowy naszych żołnierzy – jeśli wyślemy ich na akcję głodnych, będzie on mniejszy, niż kiedy wyruszą z pełnymi żołądkami. Istotna jest również taktyka, którą obierzemy. Część zadań można wykonać „po cichu”, ograniczając tym samym prawdopodobieństwo, że członkowie Legionu zginą w walce. Niemniej nie każdy z nich się do tego nadaje, dlatego też trzeba zwracać uwagę na predyspozycje podopiecznych.
Śmierć współtowarzyszy niedoli bądź inne niejednoznaczne moralnie decyzje, które podejmujemy, objawiają się różnymi statusami wpływającymi na rozgrywkę. Dla przykładu: możemy przesądzić o losie kilku niewinnych cywilów, zabierając ich ze sobą lub nie. W pierwszym przypadku dojdą nam kolejne „gęby do wykarmienia”. W drugim natomiast w naszych podopiecznych obudzą się wyrzuty sumienia, które wpłyną negatywnie na ich morale.
Tytułowy pociąg pełni rolę swego rodzaju bazy wypadowej. Pomiędzy misjami możemy go naprawiać i modyfikować, przypisując żołnierzy do poszczególnych zadań – np. do opieki nad rannymi – których wykonywanie ma zapewnić możliwie najlepsze warunki do życia. Tutaj także ulepszamy nasz oddział – wojaków możemy odznaczać, a uczestnicząc w szkoleniach, zyskują oni nowe umiejętności (np. zielarskie lub łowieckie) – i wyposażamy go w lepszy sprzęt, zdobyty podczas misji.